蔡元培在「五四」
建國以來，一向的說法，都是講蔡元培在五四運動中如何支持和鼓勵學生，為被捕學生的釋放竭力奔走；這幾年有議論稱「五四運動大方向是對的，但方式有問題」，於是又有學者有鼻子有眼地敘述「五月四日清晨」，蔡元培如何親自趕往北大，力勸學生莫要遊行。這些前後說法，讓人看了頗有些迷惑於事實真相究為如何。歷史這東西，雖不見得如胡適所說，是一個任人打扮的小姑娘，有時卻很像頻頻曝光的影視明星，總是向觀眾展示討好的一面。
其實蔡元培自己在《我在北京大學的經歷》一文中說得明白：「民國七年(1918)夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職，經慰留而罷」，但是到八年(1919)五月四日，學生又有不簽字於巴黎和約而罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊遊行為表示，我也就不去阻止他們了。
為什麼這次就不勸阻了呢？是不是蔡元培思想有所轉變？五四運動爆發後，蔡元培確實為營救學生不遺餘力，但當5月8日被捕學生全部釋放回校後，蔡元培卻於第二天向大總統和教育總長遞交辭呈，次日清晨悄然出京。在如此緊張關頭遽然離京，這個舉動頗有可玩味處。蔡元培留給北大師生的便條上開頭便說：「吾倦矣！『殺君馬者道旁兒也』。『民亦勞止，汔可小休』。吾欲小休矣。」「殺君馬者」出自《風俗通》，意為路旁小兒贊馬快，乘者喜之，乃驅馳至死。蔡元培自喻為馬毫無疑義，然而「道旁兒」是指誰？有人說指遊行學生，有人說指北洋政府。蔡元培後來自己也向外界說明，他的出走只是不滿於政府。但從蔡元培後來的言行分析，「道旁兒」亦可能兼指學生，因為彼時政府是在彈壓學潮，其行為與道旁小兒喝彩反致馬死並不相類，只有用學生對蔡元培的期許來比擬才講得通。
蔡元培長北大以來，並不反對學生關心政事，「讀書不忘救國」就是他的名言，1919年5月2日，他還在北大飯廳召集學生代表開會，號召大家奮起救國，第二天，他獲悉政府已同意在巴黎和約上簽字，立刻召來羅家倫、傅斯年等學生代表，告知此事。看起來，蔡元培在明確政府無所作為的情況下，確實有「將希望寄托在愛國學生身上」的想法。因此他對學生遊行並不勸阻，且有支持之意。
但是五四運動的發展很快出乎了蔡元培的意料，火燒趙家樓這樣的暴力行動顯然不符合蔡元培的教育原則。5月4日當晚，他參加北大三院的學生集會，一面慨然應允全力營救被捕學生，一面卻苦勸學生不要再開會，照常上課，以免「節外生枝，增加營救的困難」，但學生不聽他的，翌日便聯同北京其他高校一同罷課。
事情到了這個份兒上，恐怕蔡元培已萌去意。他的立場與學生不同，世界上沒有哪一個校長會情願學生罷課的，我們不要忘了蔡元培講「讀書不忘救國」，後面還跟了一句「救國不忘讀書」，像他這樣一個「文化救國論」者，顯然不希望學生個個都變成職業革命家。五四運動鬧成這個樣子，蔡元培肯定覺得自己有負北大校長的職責。
於是，當辦完最緊急的營救學生後，蔡元培就只能辭職離校了。據當時北大教務長，後來接任校長的蔣夢麟回憶，他和其他師生代表趕到杭州，苦勸蔡先生回校，蔡元培說，他從來無意鼓勵學生鬧學潮，但是學生們示威遊行，「出乎愛國熱情，實在無可厚非」。但是這次看似相當成功的運動卻給身為校長的蔡元培留下了一個難題，「至於北京大學，他認為今後將不易維持紀律，因為學生們很可能為勝利而陶醉。他們既然嘗到權力的滋味，以後他們的慾望恐怕難以滿足了」。因此蔡元培在受勸不過，終於答允回校復職後，即發表了《告北京大學學生暨全國學生書》，大聲疾呼：「諸君喚醒國民之任務，至矣，盡矣，無以復加矣！」蔡元培這一擔心後來果然被證實了。大大小小的愛國運動不算，1922年他竟因部分學生要求取消講義費而不得不再次辭職，最後事件以校方退讓告終，證明了北大的紀律「今後將不易維持」。
蔡元培看到了學潮失控後對正常教育造成的嚴重後果，但在當時「內外交迫」的局勢下和學生「無可厚非」的「愛國行動」面前，對此徒喚奈何。他以一身之威望，半生之熱忱，投身大學教育，雖也為學生的愛國熱情所感，但總是竭力勸阻學生過多地「犧牲神聖之學術」，他「願與諸君共同盡瘁學術，使大學為最高文化中心，定吾國文明前途百年大計」的期望，雖然不容易為當時激進的學子理解，總該可以給今日的後人，留下一點教益。
