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　　元朝是中國歷史上第一個由少數民族建立的大一統皇朝。元朝由蒙古族元世祖忽必烈於1271年所建，次年定都大都(今北京市)，1279年滅南宋，控制全中國。
　　元朝的前身為大蒙古國。1206年成吉思汗統一漠北諸部，於斡難河(今鄂嫩河)建立大蒙古國。當時蒙古的宗主國為金朝，由於金朝與其盟國西夏走向衰落，蒙古先後攻打西夏與金朝，並於1227年8月攻滅西夏，1234年3月攻滅金朝，完全領有華北。在西方，蒙古先後發動三次西征，使蒙古帝國稱霸歐亞大陸。
　　1259年元憲宗蒙哥於征伐宋戰爭去世後，領有漢地的四弟忽必烈與受漠北蒙古貴族擁護的七弟阿里不哥為了爭奪汗位而發生戰爭，最後於1264年由忽必烈獲勝。忽必烈於1271年改國號為大元，建立元朝，即元世祖。這場戰爭讓蒙古四大汗國先後脫離於大汗忽必烈的關係，直到元成宗時期才名義上承認元帝為大汗。1276年元朝攻滅南宋，統治全中國地區，結束自唐末以來400多年的分裂局面。元世祖到元武宗期間是元朝國立鼎盛時期，軍事上平定西北，但在征伐日本、東南亞諸國卻屢次失利，其中在元日戰爭戰敗。中期皇位頻繁更迭，政治始終沒有上軌道。元惠宗晚期，由於怠於政事、濫發紙幣導致通貨膨脹、為了治理氾濫的黃河又加重徭役，最後導致1351年爆發紅巾軍起事。1368年朱元璋建立明朝後，派徐達北伐攻陷大都。元廷退居漠北，史稱北元。北元後主天元十年(1388)去大元國號，北元亡。
　　元朝承襲蒙古帝國的主要領土，經過多次擴展後，於1310年元武宗時期達到最大，西到吐魯番，西南包括西藏、雲南及緬甸北部，北至都播南部與北海、鄂畢河東部，東到日本海，被譽稱「東盡遼左西極流沙，北逾陰山南越海表，漢唐極盛之時不及也」。元朝且為欽察汗國、察合台汗國、窩闊台汗國與伊兒汗國等四大汗國的宗主國，其藩屬國涵蓋高麗與東南亞各國。
　　經濟方面仍以農業為主，元朝整體生產力雖然比宋朝低，但是在生產技術、墾田面積、糧食產量、水利興修以及棉花廣泛種植等方面都取得了較大發展。蒙古人是遊牧民族，草原時期以畜牧為主，經濟單一，無所謂土地制度。攻打華北時，慘酷的屠殺和劫掠帶來很大的破壞。滅金朝後，在耶律楚材勸諫下，成吉思汗同意復甦農業，鼓勵漢人墾殖以期長治久安。元世祖即位之後，實行些鼓勵生產、安撫流民的措施。到元朝時，由於經濟作物棉花不斷推廣種植，與棉紡織品在江南一帶都比較興盛。經濟作物商品性生產的發展，就使當時基本上自給自足的農村經濟，在某些方面滲入了商品貨幣經濟關係。但是，由於元帝集中控制了大量的手工業工匠，經營日用工藝品的生產，官營手工業特別發達，對民間手工業則有一定的限制。
　　元朝對中國傳統文化的影響大過對社會經濟的影響。不同於其他征服王朝為了提升本身文化而積極吸收中華文化，元朝同時採用西亞文化與中華文化，並且提倡蒙古至上主義。例如極力推崇藏傳佛教，在政治上大量使用色目人，儒者的地位下降以及元代前期長時間沒有舉辦科舉等。由於士大夫文化式微，意味宋朝的傳統社會秩序已經崩潰。這使得在士大夫文化底下，屬於中下層的的庶民文化迅速的抬頭。這個現象在政治方面是重用胥吏，在藝術與文學方面則是發展以庶民為對象的戲劇與藝能，其中以元曲最為興盛。
　　元朝的漢文國號「大元」出自《易經·乾卦》「大哉乾元，萬物資始，乃統天」。元朝是中國歷史上第一個把「大」字加於正式國號之中的大一統王朝，除此前僅統治了華北地區的遼朝和金朝等外，之前各朝的「大」字均為尊稱。
　　元朝歷史通常可以分為兩個到三個階段，1206年元太祖鐵木真統一蒙古，立國漠北，定國號為大蒙古國；到1271年元世祖忽必烈建都漢地，將國號改為大元之際，共65年，稱為大蒙古國時期，又稱蒙古帝國。元世祖忽必烈定都漢地，將國號改為大元後，直到1368年元惠宗出亡為止，共97年，才是嚴格意義上的元朝歷史。元惠宗出亡後依舊以大元為國號，至1402年鬼力赤殺順天帝坤帖木兒，改國號為韃靼為止，共34年，稱為北元時期。
　　遼朝時期，蒙古草原上的諸部歸於遼朝統轄。金滅遼後，乘金軍大舉南下而無暇北顧之機，合不勒汗建立了早期的蒙古國家，即蒙兀國，此後蒙古一直侵襲金朝的邊境。合不勒汗死後，俺巴孩汗成為新的大汗，俺巴孩汗被塔塔兒人出賣給金廷，俺巴孩汗被金朝皇帝金熙宗釘在木驢上致死，此事件埋下了蒙古對金朝復仇的種子。在金章宗死後，13世紀初，金朝在衛紹王完顏永濟的統治下走向衰落，蒙古乞顏部鐵木真開始了統一蒙古草原的征程。先後在克烈部首領王罕以及他的安達扎答蘭部首領札木合的軍事援助下，打敗了蔑兒乞人，奪回了被蔑兒乞人奪取的眾多部眾以及其妻孛兒帖，力量逐漸壯大。1189年，在經過激烈的爭奪之後，鐵木真被乞顏貴族推舉為部落的可汗。然而，鐵木真部族的逐漸強大，危及了援助他的札木合在蒙古草原上的地位，於是札木合聯合泰赤烏等部，合兵三萬餘人，向鐵木真發起進攻。面對來勢洶洶的札木合，鐵木真將自己的部眾3萬人組成十三翼。在戰鬥中鐵木真暫時戰敗，為保存實力退至斡難河的哲列捏山峽，扼險而守。史稱「十三翼之戰」。札木合雖然取得戰役的勝利，但的札木合暴虐受到了其所屬部落首領的不滿，而鐵木真對部眾進行籠絡，故部眾歸心於鐵木真。於是畏答兒、赤老溫、朮赤台、晃豁壇等族人紛紛來附。此後，鐵木真力量進一步壯大。金承安元年，從屬於金朝的蒙古部族塔塔兒部叛金，完顏永濟派丞相完顏襄率軍征討。鐵木真聯合克烈部，以「為父親報仇」的名義，在斡里匝河擊潰了塔塔兒部，使塔塔兒一蹶不振。戰後，金朝授鐵木真糾軍統領之職，使他可以用金朝屬官名義號令蒙古部眾。宋慶元六年，鐵木真與王汗會於薩里川(今蒙古國克魯倫河上游之西)，大敗泰赤烏與蔑兒乞的聯軍，首領塔里忽台等被殺。宋嘉泰元年(1201)，鐵木真又在呼倫貝爾海剌爾河支流帖尼河之野，擊敗以札木合為首的塔塔兒、弘吉剌、合答斤等11部聯軍，史稱「帖尼河之戰」。宋嘉泰二年，鐵木真與王汗聯軍又在闊亦田擊敗了札木合同乃蠻、泰赤烏、塔塔兒、蔑兒乞等聯軍，取得了闊亦田之戰的勝利。接著招降了呼倫貝爾一帶的弘吉剌惕等部。至此，蒙古高原都被鐵木真控制了。最後平定蒙古高原，統一蒙古各部，1206年春，蒙古貴族在斡難河(今鄂嫩河)源頭召開庫里爾台大會，蒙古部鐵木真得到成吉思汗稱號，建國大蒙古國即蒙古帝國，後被尊稱元太祖。
　　金朝與蒙古為世仇，成吉思汗有意伐金復仇，然而西南的西夏與金朝聯盟，為了避免被西夏牽制，先後三次率軍(1205、1207與1209~1210)進攻之，迫使西夏夏襄宗稱臣。1210年成吉思汗與金斷交，隔年發動蒙金戰爭，於野狐嶺戰役大破四十萬金軍，隨後攻入華北地區並四處屠殺。1214年蒙軍包圍金朝首都中都(今北京市)，金宣宗被迫求稱臣，並在蒙軍撤退後遷都汴京。隔年5月31日蒙軍南下佔領金中都，並且獲得名相耶律楚材，這對於鞏固華北地區有很大的幫助。1217年，成吉思汗為了西征花剌子模，命木華黎統領漢地，封為「太師國王」，命他持續進攻金朝。木華黎為了鞏度漢地，收降地方自衛勢力如真定史天澤、滿城張柔、東平嚴實與濟南張宏，史稱漢族四大世侯，後來他們也扶佐忽必烈建立元朝。木華黎除了對金朝的戰爭讓金朝疆域萎縮剩河南與關中地區之外，並於1231年派兵進攻高麗，讓高麗王室退守江華島。
　　西域方面，為了建立通往西方的道路，早在1209~1210年就讓新疆東部的畏兀兒與伊犁河谷的哈剌魯先後歸順。當金朝遷都並將要滅亡之際，中亞新興大國花剌子模在沙阿摩訶末時期崛起，該國訛答剌地方大臣海兒汗前後兩次屠殺蒙古商隊並侮辱蒙古使臣，成吉思汗遂決心發動第一次西征。1218年蒙將哲別殺死佔領西遼並稱遼帝的屈出律，攻佔塔里木地區，史稱蒙古攻西遼之戰。隔年六月，成吉思汗親率蒙古主力軍十萬西征花剌子模。由於沙阿摩訶末抵擋不了蒙軍攻勢，畏懼而逃，在屠殺掉花剌子模的40個城鎮之後，花剌子模也於1221年亡國。成吉思汗命速不臺和哲別追殺摩訶末，摩訶末最後死於里海。其子札蘭丁於八魯灣戰役英勇抗敵，最後南逃印度，並於1224年復國於大不里士(今伊朗西北部)。1230年，札蘭丁被蒙古將軍綽兒馬罕攻滅。速不臺和哲別最後於1222年從撒馬爾罕出發經過今伊朗高原北部，進攻殺掠高加索三國(亞美尼亞王國、喬治亞、亞塞拜然)之後，並越太和嶺(今高加索山脈)，抵達欽察(位於俄南)，期間攻佔不少國家。於1223年的迦勒迦河之戰(今烏克蘭日丹諾夫市北)更是擊潰基輔羅斯諸國與欽察忽炭汗的聯軍，並向西進軍到今烏克蘭西部的德涅斯特河，之後折轉圍攻基輔，之後東返，並於1223年9月攻擊時伏爾加河中上游的河谷伏爾加保加利亞最後渡過伏爾加河東返中亞。成吉思汗將新拓展的疆土分封給長子朮赤、次子察合台和三子窩闊台，四子拖雷領有蒙古本土，三子窩闊台成為大汗繼承人。1225年蒙古回師後，因西夏不配合西征，成吉思汗又率歸師滅西夏。1227年，成吉思汗病逝，由幼子拖雷監國。
　　拖雷監國兩年後於1229年舉辦庫里爾台大會，窩闊台被推舉為蒙古大汗，後尊稱元太宗。1231年窩闊台汗率軍南征金朝，並命四弟拖雷自漢中借宋道沿漢水攻打汴京，隔年拖雷在河南三峰山之戰擊潰金軍。1234年蒙宋聯軍聯合攻破蔡州，金哀宗自殺，金朝亡。南宋雖然發起端平入洛以收復河南地，但是華北地區最後全由蒙古佔領。窩闊台汗並在1235年定都哈拉和林(今烏蘭巴托西南)後，藉此率軍南征南宋以報復之，掠奪兩淮地區後北返。蒙古為了防止華北的漢人世侯叛變，派探馬赤軍(振戍軍)進駐漢地；進行兩次人口調查，將半數漢人分封給蒙古功臣。由於需要人才治理國家，窩闊台汗接受耶律楚材的建議，於1238年命術忽德和劉中舉辦科舉，史稱戊戌選試。這次考試錄取東平楊奐等名士，為統治華北帶來不少人才，但後來以「當世或以為非便，事復中止」。
　　西線方面，1235年窩闊台汗命朮赤長子拔都、貴由與蒙哥、速不台等第二代蒙古王子發起蒙古第二次西征，史稱拔都西征，總指揮為拔都與速不台。1236年至1242年間攻佔欽察草原、基輔羅斯等各公國與匈牙利、摩爾達維亞、波蘭、立陶宛大公國、波西米亞與捷克、摩拉維亞與斯洛伐克、威尼斯共和國、原南斯拉夫地區、保加利亞第二帝國、拉什卡、神聖羅馬帝國等等中東歐各國，攻佔與殺掠東歐北部與中部，1241年11月窩闊台汗去世，由皇后乃馬真脫列哥那監國，1246年3月的庫里勒台大會由其子貴由即位，後追尊稱元定宗。1247年吐蕃諸部歸附大蒙古，史稱涼州會盟。1248年8月貴由汗去世，皇后斡兀立海迷失立孫子失烈門並監國。然而在1251年7月的大會，因為拔都與兀良哈台大力支持拖雷系的蒙哥，使得窩闊台系的失列門失去汗位。蒙哥繼承汗位，後尊稱元憲宗。
　　1252年蒙哥即位後推行中央集權化，在漢地、中亞與伊朗等直轄地設置行中書省，分遣拖雷系諸王分守各地，以其弟忽必烈總領漠南漢地大總督以管理漢地。忽必烈統治漢地期間任用了大批漢族幕僚和儒士，鞏固了華北地區，並且與兀良合台迂迴南滅大理，擴大南宋防線缺口。1258年高麗崔氏政權跨台，高麗成為藩屬國。同年蒙哥汗宣佈兵分三路南征南宋，蒙哥汗率軍攻打四川合州(今重慶)、忽必烈攻打湖北鄂州(今武昌)、兀良合台由雲南晏當(今雲南麗江北部)直攻經過安南，進攻宋廣南西路而直攻荊湖南路，並兵臨潭州(今長沙)，三軍意圖在華中會合，再大舉下長江圍攻臨安。隔年蒙哥汗在合州的釣魚城之戰戰死，忽必烈等人停止南征，北返奪位。西線方面，蒙哥汗派其弟旭烈兀西征西亞，史稱蒙古第三次西征，1256年旭烈兀攻滅伊斯蘭教的暗殺組織木刺夷。1258年西征軍攻佔伊斯蘭哈里發最後領地美索不達米亞的巴格達。隔年敘利亞阿尤布王朝，1260年佔領大馬士革和阿勒頗。然而當旭烈兀得知蒙哥於南征南宋時去世的消息後，立即率大軍回師爭位。留下的蒙軍也在今以色列加利利的阿音札魯特戰役敗於埃及馬木留克王朝，第三次西征結束。
　　蒙哥汗去世後，身在戰事的忽必烈立即與南宋和談，返回華北與留守蒙古本土的七弟阿里不哥爭奪汗位。1260年5月5日忽必烈在部分宗王和蒙漢大臣的擁立下於開平(後稱上都，今內蒙古多倫縣北石別蘇木)自立為蒙古大汗，年號中統。忽必烈登基後不久，阿里不哥在蒙古帝國首都哈拉和林召開忽里勒台大會，被阿速台等宗王和大臣選立蒙古大汗，並獲得欽察、察合台與窩闊台汗國的支持。爭奪汗位戰爭最後於1264年8月21日由阿里不哥兵敗投降，忽必烈穩固其位。
　　忽必烈汗為了成為中國皇帝而推行漢法，主要內容有改元建號，1267年忽必烈汗遷都中都(今北京市)，並命劉秉忠興建中都城。1272年改中都為大都(突厥語稱汗八里，帝都之意)，將上都作為陪都。1271年12月18日，忽必烈汗公佈《建國號詔》，取《易經》中「大哉乾元」之意，將國號由大蒙古國改為大元，建國元朝，即元世祖；1260年設立中書省，1263年設立樞密院，1268年設立御史台等等國家機構；設置大司農司並且提倡農業；尊孔崇儒並大力發展儒學等推行漢法的政策。然而為了保留原蒙古制度，最後形成蒙漢兩元政治。元世祖雖然於爭奪汗位戰爭獲得蒙古大汗的汗位，並且最後成為中國皇帝，但由於汗位取得不合法與崇尚漢法，使得蒙古宗室不承認忽必烈的汗位，四大汗國有三國不奉忽必烈的命令，蒙古帝國完全解體。最後引發窩闊台系的海都出兵爭奪汗位，造成漠北地區動盪不安，史稱海都之亂。
　　早在元世祖在與阿里不哥作戰與整頓國內之際，因為無暇對付南宋，於是派郝經對南宋提出高壓的議和內容。當時南宋宋恭帝僅五歲，由謝太后垂簾聽政，大權由謊稱擊退蒙古軍的賈似道掌握。由於賈似道畏懼謊言被擊破而幽禁郝經。南宋並於1262年拉攏山東漢人世侯李璮，發起李璮叛亂。元軍平定叛亂後，元世祖斷然廢止漢人世侯，以蒙古人直接管理地方事務，並且準備南征南宋。1268年元世祖發起元滅宋之戰，首先派劉整與阿朮率軍攻打襄陽，史稱襄樊之戰。1274年元軍攻下襄陽，宋將呂文煥投降，隨後中書丞相史天澤和樞密院使伯顏率軍順漢水南下長江，目標建康。1275年降將呂文煥率元水陸聯軍於蕪湖擊潰賈似道的南宋水軍，史稱丁家洲之戰。隔年元軍攻陷臨安(今浙江杭州)，謝太后與宋恭帝投降元軍。然而陸秀夫等擁立7歲的宋端宗在福州即位，文天祥、張世傑與陳宜中等大臣持續在江西、福建與廣東等地抗元。元軍陸續攻下華南各地，1278年南宋朝廷退至廣東崖山。隔年3月，張弘範在崖山海戰攻滅南宋海軍，陸秀夫挾持8歲的小皇帝宋幼主趙昺投海而死，南宋亡。元朝統一中國地區，結束自唐朝安史之亂以來520多年的分裂局面。
　　在此前後，元朝曾要求周邊一些國家或地區(包括日本、安南、占城、緬甸、爪哇)臣服，加入元朝的朝貢關係，但遭到拒絕，元世祖於是出兵攻打這些國家，其中以入侵日本的元日戰爭最為著名，因為範文虎指揮不當與颱風來襲而失敗。由於元朝廷需要賞賜大量財寶予宗室貴族，加上開支繁重，財政日漸緊張，朝臣為了財政問題發生爭執，分裂成以許衡等漢人與漢化蒙古人為首的儒臣派與以阿合馬、盧世榮與桑哥等色目人與漢人為首的理財派。儒臣派認為元廷應該節省經費、減免稅收。理財派認為南人藏有大量財物，應沒收以解決朝廷的財政問題。由於元世祖信任阿合馬，設立尚書省解決財政問題。而儒臣則以受漢化更深的太子真金為核心與阿合馬抗衡。最後阿合馬被刺殺，太子真金也因為得病而死。然而元世祖不信任儒臣派，依舊任用理財派官員來解決財政問題，導致財政惡化。
　　1294年元世祖駕崩後，雖然太子真金早死，但是元世祖曾賜真金的三子鐵穆爾「皇太子寶」並且讓他鎮守和林。隨後鐵穆爾在庫里爾台大會中獲得重臣伯顏與玉昔帖木兒等支持，打敗真金的長子甘麻剌與次子答剌麻八剌等繼位，即元成宗。元成宗主要恪守元世祖時期的成憲，任用其侄海山(答剌麻八剌之子)鎮守和林以平定西北海都之亂，並且下令停止征討日本與安南。在內政方面專力整頓國內政治，減免江南部分賦稅。然而，由於元成宗過度賞賜，入不敷出，使國庫資財匱乏。1307年正月，元成宗駕崩，由於太子德壽早逝，左丞相阿忽台擁護皇后卜魯罕與信奉伊斯蘭教的安西王阿難答監國，並有意讓阿難答稱帝。海山之弟愛育黎拔力八達與右丞相哈剌哈孫發動大都政變。他們斬殺阿忽台，控制大都局勢，擁護率軍南下的海山稱帝，即元武宗。皇后與阿難答被元武宗斬殺，其回回部下退入西域吐魯番地區。
　　元武宗因愛育黎拔力八達有功，冊封他為皇太弟(即未來的元仁宗)，相約武宗系與仁宗系交替稱帝，即武仁之約。元武宗時期，加封孔子為「大成至聖文宣王」，並給予孔子的家族與弟子一些稱號。為了解決元成宗時期的財政危機，元武宗設置常平倉以平抑物價，下令印製至大銀鈔，然而反而使銀鈔嚴重貶值。此外他將中書省宣敕與用人權劃歸給尚書省。1311年元武宗因沉耽淫樂、酗酒過度而逝，由皇太弟愛育黎拔力八達繼位，是為元仁宗，這次是元朝首次和平繼承帝位。
　　西北地區方面，早在元世祖時期，由於他的大汗之位不受四大汗國的承認，使得當時窩闊臺汗海都有意奪回蒙古汗位。海都統轄葉密立(今新疆額敏東南)一帶且與欽察汗國友好。元世祖為了避免在南征南宋時被海都背刺，遂扶持八剌獲得察合台汗位以牽制海都。然而在1268年，海都、八剌和欽察汗忙哥帖木兒以元世祖過度漢化、違背祖宗成法為由，在塔拉斯河招開庫里爾台大會結盟反元。他們以海都為盟主，共同瓜分中亞行省，聯合對抗元朝與伊兒汗國，史稱海都之亂。元世祖派伯顏北上平亂，海都與新任察合台汗篤哇採用游擊戰的方式迴避決戰。1287年海都聯軍夥同鎮守遼東的東道諸王乃顏與哈丹襲擊和林(今蒙古國哈爾和林)，元世祖親率大軍擊敗之，派伯顏、玉昔帖木兒與李庭平定東北乃顏，主持西北軍事。1289年海都再犯和林，最後其勢力被驅出阿爾泰山以西。而哈丹於遼東高麗一帶游擊，至1292年敗亡。
　　元成宗即位後，任命其侄海山(後繼位為元武宗)總領漠北諸軍。1301年海都聯軍被海山和晉王甘麻剌擊潰，史稱鐵堅古山之役。海都於戰後去世，其子察八兒繼位，窩闊台汗國被篤哇掌控。1303年由於篤哇被欽察汗脫脫蒙哥擊潰，就與察八兒共同派使者向元廷請和，脫脫蒙哥也向元廷請和，而伊兒汗本來就支持元廷，至此四大汗國皆承認元朝的宗主地位，雙方廣設驛路，解除封禁。不久之後，窩闊臺汗國被察合台汗篤哇與元朝元武宗先後攻滅而亡，察八兒投降元朝。
　　元仁宗力圖改變元武宗時造成的財政枯竭、政制混亂的局面，他推行「以儒治國」政策，並且減裁冗員、加強中央集權以整頓朝政。他曾令王約將《大學衍義》譯為蒙文，賜臣下說「治天下，此一書足矣。」並將《貞觀政要》和《資治通鑒》等書摘譯為蒙文，令蒙古人與色目人誦習。1312年元仁宗將其儒師王約特拜集賢大學士並將王約「興科舉」的建議「著為令甲」，至此恢復科舉制度。本次科舉以程朱理學為考試的內容，史稱延祐復科，最後錄取護都答兒、張起巖等56人為進士。他還倚重漢人文臣，處死蒙丞相托克托等，排除朝中異己。財政方面，元仁宗取消元武宗的經濟措施，並且於1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田產，史稱延祐經理。任用床兀兒統軍，擊敗察合台汗王也先不花以平定西北地區。然而元仁宗未能制止太后答己干預朝政，也無力制裁備受太后重用的重臣鐵木迭兒貪贓枉法。在繼承問題方面，元仁宗以王約輔助皇太子碩德八剌，並且聽從鐵木迭兒的建議，廢除武仁之約。他將元武宗長子周王和世琜外放鎮守雲南、次子圖帖睦爾放逐海南島。同年冬天，元武宗舊臣皆感憤怒而擁護和世琜叛變，最後敗走漠北，依附察合台汗國。1320年元仁宗駕崩後，皇太子碩德八剌即位為元英宗。
　　元英宗繼續實行元仁宗的以儒治國、加強中央集權和官僚體制的政策，並於1323年下令編成並頒布元朝正式法典《大元通制》，共2539條，他還下令拔除權臣鐵木迭兒在朝廷的勢力。然而支持鐵木迭兒的蒙古與色目保守派厭惡元英宗的新政，有意發動政變。1323年鐵木迭兒的義子鐵失趁元英宗去上都避暑之際，在上都以南15公里的南坡地刺殺元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變，仁宗系自此未能再奪得皇位。晉王甘麻剌的長子，鎮守和林的也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣並稱帝，即泰定帝。
　　泰定帝召回被放逐到海南島的武宗系圖帖睦爾為懷王。泰定帝於1328年七月崩於上都，丞相倒剌沙擁立七歲的阿速吉八為帝，是為天順帝。而鎮守大都的燕帖木兒與伯顏擁立周王和世琜於漠北、懷王圖帖睦爾於江陵，同年圖帖睦爾先至大都繼位，是為元文宗。燕帖木兒率軍攻入上都，天順帝不知所終。隔年和世琜於漠北和林稱帝，即元明宗。元文宗放棄帝位，派燕帖木兒迎元明宗繼位，並且被立為皇太子。然而燕帖木兒毒死元明宗，復位元文宗，改元天曆，史稱天曆之變。
　　元文宗時期大興文治，1329年設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令所有勛貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。於奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元朝一部重要的記述典章制度的巨著。然而丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致朝政更加腐敗。1333年元文宗去世後，為洗刷毒死元明宗的罪行，遺詔立年僅七歲的明宗次子懿璘質班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥懽貼睦爾被文宗皇后卜答失里從靜江(廣西桂林)召回並立為帝，是為元惠宗，又稱元順帝。
　　元惠宗在位之初，1335年燕帖木兒的兒子唐其勢陰謀推翻，另立元文宗義子答剌海。幸右丞相伯顏粉碎叛亂，但屬於保守派的他掌握朝政，權力盛大。他禁止漢人參政並取消科舉，這些都與元惠宗發生衝突。1340年元惠在伯顏之侄脫脫的幫助下，終於廢黜伯顏。脫脫為相與元惠宗親政前期，採取了一系列改革措施如頒行《至正條格》等法規，以革新政治，緩和社會矛盾，史稱至正新政。1343年元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脫脫(後改由阿魯圖)主持，兩年後修成。然而元惠宗後期怠於政事，以至於在1350年發生天災人禍後引來民變。
　　元朝長期處於繼承權問題、貪汙、權臣擅政、不任用漢人與壓搾百姓的惡習，使得政治總是無法上軌。這種不穩定的朝廷如果又遇到天災人禍的干擾，往往導致國家的覆沒。元朝後期，特別是1340年代中後期至1350年代期間，乾旱、瘟疫與水災時常發生，黃河地區水患尤其嚴重。與此同時，元廷不斷收取各種賦稅，使百姓的生活更加艱苦，使得白蓮教逐漸流行，並成為對抗元廷的勢力。早在1325年就發生過河南趙丑廝、郭菩薩領導的武裝起事。1338年江西袁州(今江西宜春)彭和尚、周子旺等白蓮教徒起義失敗，彭和尚逃至淮西。1350年元廷下令變更鈔法，鑄造「至正通寶」錢，並大量發行新「中統元寶交鈔」，導致物價迅速上漲。隔年元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民伕十五萬，士兵二萬。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾起事，但事洩，韓山童被捕殺。劉福通再立韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出「復宋」旗號，以紅巾為標誌。其後郭子興於安徽濠州起事，芝麻李等人佔領徐州，此為東系紅巾軍。西系紅巾軍方面，彭瑩玉、鄒普勝與徐壽輝在湖北蘄州起事，國號天完。紅巾軍勢力遍佈河南江北、江南、兩湖與四川等地，還有非紅巾軍的張士誠等部的起事，民變揭開元朝滅亡的序幕。
　　元廷派兵鎮壓各地紅巾軍，丞相脫脫親自率軍南下攻陷徐州芝麻李軍，一度壓制民變軍。然而脫脫在1354年南攻高郵張士誠軍之際，被元廷大臣彈劾而功虧一簣。徐壽輝部最後分裂成兩湖的陳友諒與四川的明玉珍。兩淮郭子興的部下朱元璋於1356年以南京為根據地開始擴充地盤；1363年與據有兩湖的陳友諒作戰，最後於鄱陽湖之戰獲得勝利；1365年佔領兩湖後於同年冬東進攻打據有江蘇沿海的張士誠；1367年平定張士誠後，繼續南下壓制浙江的方國珍，至此江南無一人反抗朱元璋。另外，福建於1357年至1366年間發生色目軍亂，史稱亦思巴奚兵亂。與此同時，元朝在察罕帖木兒和李思齊等率領元軍反擊北方紅巾軍，1363年北方紅巾軍最後在安豐之役中敗給降元後的張士誠，劉福通戰死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨後被殺。朱元璋統一江南後於1367年下令北伐，他派徐達、常遇春率明軍分別攻打山東與河南，並且封鎖潼關以防止關中元軍進援中原。明軍於1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史書稱此為元朝結束之年。然而元廷仍在上都，往後史書稱之為北元。而明廷認為元惠宗順天明命，諡號為元順帝。
　　1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用「大元」國號，史稱北元。當時北方除了元惠宗據有漠南漠北，關中還有元將擴廓帖木兒駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。明太祖為了佔領北方，採取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰敗後於1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區。然而元將擴廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為「當世奇男子」。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。
　　至於北元領有的東北地區與雲南地區方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝佔領遼寧南部。然而其餘東北地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬於金山(今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶)，自持畜牧豐盛，與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐，目標是攻佔納哈出的金山。經過多次戰爭，1387年10月，納哈出投降藍玉，明朝佔領東北地區。鎮守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原後仍然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵平定據有四川的明玉珍，並且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入雲南，1382年梁王逃離昆明並自殺，隨後明軍攻克大理，明軍平定雲南地區。
　　明太祖為了徹底掃除北元勢力，於1388年5月命藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海(今中蒙邊境之貝爾湖)擊潰元軍，俘虜八萬餘人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝被阿里不哥後裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號及大元國號(一說1402年鬼力赤殺元帝坤帖木兒後後改國號為韃靼)，北元亡。