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　　莫登庸向明朝納降求封﹐明朝下詔降安南國為安南都統使司﹐封莫登庸為安南都統使安南法理上成了明朝版圖之後﹐莫朝成為越南和中國承認的越南唯一王朝。明對於莫朝的承認直接導致中興黎朝反莫運動加劇﹐各地反莫事件風起雲湧。復興的後黎莊宗派遣阮淦､鄭檢､鄭公能､賴世榮等人已經攻取了西都清化﹐佔據了南部的大片土地﹐在西都重建後黎朝(中國不承認﹐但要求莫朝安插與漆馬江以示保護曾經的貢臣)。後黎朝的遺臣紛紛前去投奔﹐支持後黎朝的莫朝地方官員也紛紛倒向後黎朝。
　　而此時的莫朝卻發生內訌﹐莫登庸於1541年8月病逝後﹐莫福海獨自掌握權力。不久後莫福海也病逝﹐其子莫福源繼位。但是泗陽侯范子儀不承認並在御天府華陽立莫登庸之子弘王莫正中為帝﹐使得莫氏宗室爭權內訌﹐喪失了乘中興黎朝立足未穩﹐發動進攻的機會。此次莫朝內亂﹐使得國勢日衰﹐無法消滅後黎朝﹐這就越南進入了第一次南北朝時代。
　　黎朝這邊﹐此時反莫朝勢力代表阮淦被1543年部下毒殺﹐實權掌握在鄭檢手中﹐鄭檢與莫朝抗爭並多次主動進攻﹐鄭檢還趁莫朝內亂煽動莫朝將領黎伯驪､武文密倒戈討伐莫朝﹐實力大增。鄭檢大軍進攻莫朝首都東京﹐皇帝莫福源出奔金城(今越南海陽省金城縣)﹐留莫敬典率兵在東京升龍防禦﹐擊退了鄭軍。此後﹐莫朝又與後黎朝多次發生交戰﹐互有勝負。但是便長期處於防禦地位﹐屢遭黎軍進攻。
　　1580年莫敬典病逝﹐莫朝失去了強有力的領導核心﹐急劇走向衰落。次年莫茂洽任命莫敦讓統領兵權﹐但莫敦讓並沒有軍事家的才能﹐因此在與後黎朝的戰爭中屢敗。而同年莫茂洽又得了青光眼失明﹐雖然在數年後復明﹐但莫朝急劇走向衰落﹐莫朝將領紛紛歸附後黎朝。
　　1585年﹐後黎朝的鄭檢去世其之鄭松即位。鄭鬆開始主動率軍反攻莫朝﹐而莫朝莫茂洽決定採取守勢﹐於是大興土木修築升龍城的防禦工事。但鄭松的軍隊節節勝利﹐鄭松及其部將黃廷愛､阮有僚等部履敗莫軍。
　　1591年﹐鄭松率阮有僚､黃廷愛､鄭杜等部﹐大舉進攻莫朝﹐莫軍大敗。次年﹐黎軍直搗升龍城下﹐莫茂洽棄城而走﹐逃到了菩提津﹐居於土塊館﹐留將佐防守升龍。莫茂洽在長河召集莫玉(王輦)､阮倦等部發動最後一搏﹐但大敗﹐升龍城被攻陷。次年莫茂洽遜位給其子莫全﹐自稱太上皇。雄禮公莫敬止發兵抵抗鄭軍﹐但為鄭軍所敗。莫茂洽乘船逃亡﹐至鳳眼縣模桂寺匿於民間。但十一天後被村民揭發﹐為鄭松部將抓獲﹐押往升龍生梟三日﹐然後斬於菩提津﹐傳首清化。後黎朝朝廷下令用兩顆釘子釘其兩眼﹐在清化集市上示眾。
　　莫朝皇帝被殺﹐標誌莫朝被滅﹐但是莫朝勢力還沒有完全被滅。雄禮公莫敬止率部在至靈縣自立為帝﹐據守青林一帶﹐改元寶定﹐史稱莫閔宗。莫朝宗室莫敬敷､莫敬誠､莫敬慎等紛紛歸附﹐據守海陽､高平一帶﹐兵力號稱七萬人。莫景宗莫全由於人心不服﹐前往投奔莫閔宗莫敬止。
　　1593年﹐鄭松率黃廷愛､阮有僚等部進攻莫敬止﹐俘獲莫敬止､莫全及莫朝的眾多宗室､大臣等。鄭松命將一行人在草津一帶斬首﹐傳送升龍示眾。中興黎朝佔有東京之後﹐派遣使者前往中國請求冊封﹐萬曆皇帝鑒於越南實際情況﹐承認黎中興朝的地位﹐但是並沒有恢復法理上的安南國王﹐也沒有冊封黎世宗為安南國王而是冊封其莫朝舊職為安南都統使﹐直到南明時期才重新冊封黎朝君主為國王。這樣就出現了莫朝高平的安南和黎中興朝的安南﹐兩個安南局面呈現。
　　莫朝皇帝被殺﹐標誌莫朝被滅﹐但是莫朝勢力還沒有完全被滅。雄禮公莫敬止率部在至靈縣自立為帝﹐據守青林一帶﹐改元寶定﹐史稱莫閔宗。莫朝宗室莫敬敷､莫敬誠､莫敬慎等紛紛歸附﹐據守海陽､高平一帶﹐兵力號稱七萬人。莫景宗莫全由於人心不服﹐前往投奔莫閔宗莫敬止。1593年﹐鄭松率黃廷愛､阮有僚等部進攻莫敬止﹐俘獲莫敬止､莫全及莫朝的眾多宗室､大臣等。鄭松命將一行人在草津一帶斬首﹐傳送升龍示眾。
　　莫朝遺臣莫玉輦尋得莫敬止的弟弟敦厚王莫敬恭﹐在文蘭州擁立其為新帝﹐改元乾統﹐史稱莫代宗。海陽､京北各處支持莫朝的勢力紛紛率部歸附。阮潢率兵前往征討﹐用火攻計﹐大破佔據海陽的壯王莫敬章部。海陽､山南一帶悉被平定。次年莫玉輦挾莫代宗莫敬恭據安博縣﹐但又被後黎朝所敗。莫玉輦､莫敬恭奔思明府﹐稱臣於明朝。其侄慶王莫敬寬則據守大慈縣﹐自稱皇帝﹐改元隆泰﹐史稱莫光祖﹐遙尊莫敬恭為太上皇。在後黎朝的攻勢下﹐莫朝的將軍紛紛叛降。莫敬恭和莫玉輦逃亡明朝的龍州﹐發兵騷擾諒山一帶。
　　最後莫朝殘餘宗室力量逃亡高平建立統治﹐託庇於中國明､清政府的保護之下一直延續到1677年並一直被中國冊封為安南都統使﹐直到1677年後黎朝鄭主將高平政權滅亡。高平政權滅亡後　　黎朝成為唯一的安南國王﹐兩個安南結束。