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　　阿歷克塞一世·科穆寧是科穆寧王朝的真正奠基人。在科穆寧王朝時期，拜占廷帝國已不具有馬其頓王朝時代的在亞洲和歐洲同時發動大規模軍事進攻的能力。此時拜占庭帝國封建制度形成一定規模，軍事貴族對廣大領地實行終身監領，承擔向國家交納租稅和提供軍隊的義務。由於自由農民人數銳減，常備軍兵源枯竭，帝國不得不更多地依賴外籍僱傭軍。
　　為了使威尼斯人支持拜占廷帝國反對突厥人和諾曼人的戰爭，阿歷克塞一世被迫給予威尼斯共和國以重大貿易特權，卻極大程度上的損害了拜占廷的經濟，也使帝國的海上霸權不復存在，又給予比薩以商業特權，部分抵消了威尼斯人的優勢。(相應地，地中海的制海權轉移到了意大利諸城邦，主要是威尼斯和熱那亞手中)。由於首領羅貝爾·吉斯卡爾的暴亡，諾曼人對希臘的滲透戛然而止，使科穆寧王朝在許多年裡都擺脫了西方的威脅。但是，更大的威脅是來自亞洲的塞爾柱突厥人和歐洲的意大利城邦。1090年，阿歷克塞一世傾舉國之力阻止了突厥人的西進，使帝國東部防線暫時穩定了下來。阿歷克塞一世曾幻想借助西歐的軍事力量從突厥人手中收復亞洲領土，向教皇發出了援助呼籲，結果導致西歐封建主發動了十字軍東征。在整個科穆寧時代，拜占廷帝國都不得不努力控制前往亞洲的十字軍大軍，以及他們在敘利亞和巴勒斯坦地區建立的一群西歐式小國，這些小國只是偶爾臣服於拜占廷。
　　阿歷克塞一世以後的科穆寧王朝諸帝除曼努埃爾一世以外大多政績不顯。約翰二世擊敗了已經在突厥人內鬥中衰落的佩切涅格人(為此設立了「佩切涅格節」)，但是在東方的失敗政策和經濟上的全面崩潰導致了帝國這一時期極度衰弱，並被迫屈服於實力逼人的威尼斯人。約翰二世之子曼努埃爾一世非常成功地復興了帝國的經濟，社會和政治系統，並征服和統治了亞洲以安條克為中心的十字軍諸國以及全巴爾幹半島和克羅地亞地區，然而在企圖征服塞爾柱突厥人時遭到了挫敗(1176年密列奧塞法隆戰役)；他死後，由於繼承人年幼而導致的政治動盪，拜占廷的力量開始再次全面下滑。自此，其衰落已經不可避免。1185年，科穆寧王朝的安德羅尼卡一世(他以激進而失敗的統治著稱)被其將領伊薩克二世·安格洛斯(此人是阿歷克塞一世的女兒狄奧多拉的後代)推翻，後者建立了安格洛斯王朝，科穆寧王朝在拜占廷的統治宣告結束。
　　阿歷克塞一世求助於十字軍的想法最終被證明是引狼入室，1204年十字軍推翻了由安格洛斯家族統治的拜占廷帝國。帝國各豪族在亡國後紛紛建立了獨立國家，其中科穆寧家族也在小亞細亞建立了特拉比宗帝國。位於希臘的伊庇魯斯專制君主國也是科穆寧家族的一個後代建立的。但是，拜占廷的眾多繼承國中的真正正統繼承者尼西亞帝國與科穆寧王朝無關，而也是尼西亞帝國最後恢復了拜占廷帝國。