迫於董卓進軍的壓力﹐何太后終於同意下詔罷免宦官
中平五年(188)﹐涼州叛軍重新攻入右扶風﹐圍攻陳倉縣城。十一月﹐朝廷拜皇甫嵩為左將軍﹐董卓拜前將軍為副﹐各率兩萬人救援陳倉。董卓向皇甫嵩建議﹐急速進軍﹐皇甫嵩認為﹕「陳倉縣城防備堅固﹐涼州叛軍必然無法攻克﹐我軍只要按兵不動﹐以逸待勞即可取得全勝。」於是﹐不聽從董卓的建議。
朝廷準備提拔董卓為少府(九卿之一)﹐董卓不肯受命﹐上書推辭﹕「我下屬的湟中義從､匈奴士兵都來攔住我的車﹐苦求我不要拋棄他們﹐我制止不了他們﹐只能留下來寬慰他們﹐如果情況有變﹐我再向朝廷匯報。」朝廷也無可奈何。
中平六年(189)春二月﹐涼州叛軍圍攻陳倉縣城達八十餘日﹐不克﹐疲敝而退。皇甫嵩下令追擊﹐董卓勸阻﹐認為﹕「窮寇勿追﹐歸眾勿迫」﹐皇甫嵩則認為﹕「叛軍是喪失鬥志的疲師﹐而不是歸眾､窮寇」。隨後﹐皇甫嵩讓董卓負責殿後﹐自己率軍追擊﹐連戰連勝﹐斬首萬餘級﹐叛軍首領王國逃走後﹐不久病死。董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
漢靈帝得了重病﹐下詔拜董卓為并州牧﹐其下屬軍隊轉交給皇甫嵩。這是當時天下第四個州牧﹐可見地位崇高﹐董卓接受任命﹐但是不肯交出軍隊﹐上書辯解道﹕「我掌兵十年﹐士兵上下和我關係太好了﹐都要為我賣命﹐我乞求帶這幫士兵去并州﹐效力邊陲。」。
皇甫酈勸說叔父皇甫嵩趁機除掉董卓﹐皇甫嵩不從﹐只是將董卓不肯交出兵權的事上奏朝廷。由是﹐漢靈帝下詔﹐責備董卓﹐董卓對皇甫嵩更加怨恨。最終﹐董卓帶了五千人向并州出發﹐但是﹐停留在河東郡就不走了﹐董卓是想觀察洛陽局勢。
四月﹐漢靈帝駕崩。大將軍何進掌權﹐與司隸校尉袁紹合謀誅殺宦官。而何太后不肯下詔﹐於是何進､袁紹私招董卓領兵進京﹐以此逼迫何太后。董卓得知﹐立即動身。同時﹐董卓上書﹐彈劾中常侍張讓等人。但是﹐不久何進又反悔﹐派諫議大夫種劭勸阻董卓進京。種劭在黽池見到董卓﹐要求董卓返回河東郡去討伐流亡匈奴單于余夫羅﹐董卓不從﹐繼續上書辯解﹐並進入河南尹。迫於董卓進軍的壓力﹐何太后終於同意下詔罷免宦官。董卓率軍抵達洛陽城外﹐種劭出城勞軍時﹐再次要求董卓撤軍﹐董卓指使士兵上前威脅種劭﹐種劭大怒﹐斥責董卓﹐董卓自知理虧﹐便率軍西撤至洛陽城二十里外的夕陽亭。
中平六年(189)八月二十五日﹐大將軍何進在宮內被宦官所害﹐政變爆發。董卓之弟董旻時任奉車都尉﹐與何進部將吳匡等人聯合攻殺了車騎將軍何苗。董卓望見洛陽上空濃煙滾滾﹐才得知朝廷發生重大變故﹐於是急忙下令進軍。二十八日﹐天未亮﹐董卓才抵達顯陽苑﹐打聽到中常侍張讓等人劫持皇帝劉辯上了北邙山﹐於是﹐又向北邙山趕去。
在北邙山下﹐董卓見到了浩浩蕩蕩的迎駕隊伍﹐驚魂未定的劉辯見到飛馳而來的董卓軍﹐嚇得大哭﹐眾大臣說﹕「有詔退兵！」迎駕隊伍中的崔烈也叫董卓迴避。董卓指著崔烈罵道﹕「我日夜兼程跑了三百里路﹐你現在說什麼迴避﹖信不信我砍下你的腦袋！」接著﹐董卓又反詰大臣們道﹕「諸位公卿﹐身為國家大臣﹐不能匡正王室﹐致使國家動盪﹐現天子流落在外﹐你們哪有讓我退兵的理由！」。
隨後﹐董卓進入迎駕隊伍﹐先拜見劉辯﹐又伸手從閔貢懷中抱陳留王劉協﹐劉協不肯﹐董卓只得與閔貢並馬而行﹐一同入城。董卓又向劉辯詢問事變經過﹐劉辯語無倫次﹐而劉協卻能表述清楚﹐董卓知道﹐劉協是董太后撫養長大﹐號「董侯」﹐董卓又自認為與董太后同族﹐於是﹐心生歡喜﹐希望劉協能當上皇帝。
原大將軍何進和車騎將軍何苗的軍隊也被董卓收編﹐董卓又引誘呂布殺害執金吾丁原﹐吞併了張遼等并州人的軍隊。如此一來﹐董卓掌握了洛陽的所有軍權。原大將軍府幕僚鮑信﹐不肯歸附董卓﹐向袁紹提出將董卓引誘殺害的計劃﹐袁紹不敢﹐鮑信則棄官逃亡。
朝廷罷免司空劉弘﹐派使者到顯陽苑拜董卓為司空。董卓邀請袁紹到顯陽苑商議廢立﹐袁紹不同意﹐提出要去請示太傅袁隗。袁紹說﹕「恐怕大多數人都不會同意你的意見！」董卓聞言大怒﹕「豎子！天下事豈不決我﹖我今為之﹐誰敢不從﹖爾謂董卓刀為不利乎！」袁紹反譏﹕「天下健者﹐豈唯董公﹖」然後﹐拿著佩刀作揖而去。董卓知道袁紹的聲望地位﹐也拿他沒辦法。
董卓將廢立之事匯報給太傅袁隗﹐袁隗同意。袁紹因此棄官逃亡至冀州勃海郡。八月三十日﹐董卓在朝會上提出廢立之事﹐並以霍光事為例﹐自比田延年(誰反對就立刻處死)﹐滿朝文武只有尚書盧植﹐站出來抗辯﹐董卓被頂撞得無言以對﹐氣得罷會。後來﹐董卓還想尋找機會殺害盧植﹐但被蔡邕､彭伯勸阻﹐盧植則棄官逃亡。
九月一日﹐在崇德前殿﹐尚書丁宮主持廢立儀式﹐太傅袁隗將劉辯扶下皇座﹐解除玉璽印綬轉交給劉協﹐然後扶劉協正式登基﹐是為漢獻帝。緊接著﹐董卓讓尚書宣讀策文﹐並彈劾何太后害死董太皇太后的罪責﹐將其罷免﹐遷入永安宮。
九月三日﹐何太后被毒殺身亡。董卓不允許朝廷為何太后舉辦喪禮﹐而是讓劉協到洛陽城內奉常亭﹐表示哀悼﹐公卿大臣們穿白衣上朝三天。
九月十二日﹐朝廷遙封遠在幽州的幽州牧兼太尉劉虞為大司馬(上公之位)﹐董卓由司空改任太尉﹐兼領前將軍﹐加節﹐賜斧鉞虎賁﹐更封郿侯。
九月末﹐董卓聯合司徒黃琬､司空楊彪﹐一同攜帶鈇鑕到朝堂上書﹐要求為建寧元年(168)九月政變時被誣陷為叛賊的陳蕃､竇武以及次年(169)在「第二次黨錮」中﹐被捕遇害的眾多黨人平反。劉協准奏﹐恢復陳蕃等人的爵位﹐並提拔他們的子孫為官。
董卓親近周毖(周慎之子)﹐伍瓊﹐原大將軍府官員何顒､鄭泰也成為其幕僚。董卓在幕僚們的建議下﹐親近士人﹐徵召名士荀爽､韓融､陳紀等人入朝為官﹐其中﹐蔡邕成為董卓最信任的幕僚。同時﹐董卓又選拔大量名士(如﹕韓馥､劉岱､孔胄､張咨､孔融､應劭､張邈)擔任地方太守等要職﹐甚至不計前嫌﹐對厭惡自己而棄官而走的袁紹､王匡､鮑信等人授以太守﹐以示和解。
十月三日﹐董卓趁著何太后遺體下葬的時候﹐開啟文陵(漢靈帝陵墓)時﹐使人偷取其中珍寶。董卓仗著軍權的威勢﹐放縱士兵在洛陽城內﹐劫掠富戶﹐搜刮財物﹐姦淫婦女。
十一月一日﹐董卓自拜相國﹐封郿侯﹐有「入朝不趨﹐劍履上殿」的特權﹐自此董卓在朝廷中的權勢已經如日中天。
董卓又封自己的母親為「池陽君」﹐設置令､丞。
