非鄭氏叛將不能收復台灣
康熙元年(1662)五月，佔據台灣堅持反清復明的鄭成功病逝。其弟鄭世襲與其子鄭經為爭奪王位而火並。清廷趁機招撫駐守廈門的鄭經，鄭經交出了明朝敕命及玉印等。次年五月，鄭經殺死鄭世襲，台灣內亂平息。鄭經向清廷請求仿照朝鮮、琉球藩國方式，佔據台灣，永不登陸，不剃髮，不改漢族衣冠，否則雖死不降。清廷內部對台灣鄭氏一直存在著招撫和攻剿兩種主張，福建水師提督施琅一貫主張以武力攻剿台灣。朝廷與台灣和談失敗之後，施琅上疏康熙帝，建議以武力進取台灣， 以杜絕後患，並就如何選練士兵、籌集船餉、海上指揮、攻戰機宜等事提出全面意見。
施琅(1621~1696)，字道侯，福建晉江人，原來是明朝的游擊將軍，後為鄭芝龍手下左先鋒，因為誅殺逃兵得罪了鄭成功，被迫降清，任清朝福建水師提督。康熙三年(1664)，施琅與另幾位鄭軍降將周全斌、楊富等人率水師，進攻台灣，遭遇颱風退回。次年再攻台灣，又遭遇颱風無功而返。朝廷中許多王公大臣，因此對施琅的忠誠產生了懷疑，說他有親屬留在台灣，與鄭氏舊恩未斷。施琅這次上疏的結果是被朝廷召進京城面陳攻台方略。
施琅進京之後，又上了一道《盡陳所見疏》，詳述武力統一台灣的方略。他提出「因剿寓撫」的策略， 即撫與剿並用，但側重點在於剿，以剿促撫。剿撫都須根據具體情況，敵順則撫，敵逆則剿，既然朝廷三番五次招撫無效，就應以武力征剿，以強大軍事壓力迫使鄭經就撫。十分可惜，此時正值鰲拜輔政，竟將施琅奏章擱置一旁，非但不理，反而解除他的兵權，留在京師，授內大臣職，實際上是閒散供養。福建水師多是鄭成功舊部，均調往外省墾荒，並將戰船悉數焚燒，攻台計劃盡遭破壞。由此可見，鰲拜擅權多行謬政。
裁撤福建水師之後，朝廷繼續對台灣進行招撫。康熙八年(1669)，康熙帝逮治鰲拜之後，命刑部尚書明珠、兵部侍郎蔡毓榮去福建，與靖藩耿繼茂、總督祖澤沛在泉州府商討招撫台灣之策。然後派太常寺卿慕天顏，都督僉事季全，帶了詔書去台灣。慕天顏、季全往返台灣，兩次都不能與鄭經達成一致，只好返回京師覆命。
在平定吳三桂之亂的戰爭期間，鄭經配合吳三桂，反攻大陸，佔領了福建和廣東很多州縣，康熙帝倣傚當年秦始皇遠交近攻、分化瓦解的策略。派兵鎮壓福建、廣州的耿精忠，對鄭經則一如既往，堅持招撫政策。而耿精忠再次降清之後，又與福建總督郎廷相一齊將鄭經趕下海去。鄭經退守廈門，清朝水師尚未恢復，對他無可奈何。和碩康親王傑書修書一封，派人往廈門招撫，鄭經仍然堅持「不剃髮」原則，回答得十分慷慨悲壯： 「何必裂冠毀冕，然後為識時務之俊傑哉？」民族感情異常強烈。康王大怒，下令造船，準備進剿廈門，然而談何容易。進剿不成，雙方又開始了談判，仍無結果。清朝雖然屢次招撫鄭經不成，但招撫鄭經部下軍民卻大見成效。這幾年，不斷有台灣軍民從台、澎等地投奔大陸。新任總督姚啟聖為此做出了重要貢獻。
姚啟聖，字熙之，一字憂庵，原為浙江會稽人，後隨族人籍隸漢軍鑲紅旗。康熙二年中舉，授廣東香山知縣，不久因事革職。平定吳三桂之亂期間，他投效康王帳下，屢獻奇謀，很得康王賞識，由代理知縣累升至布政使。康熙十七年(1678)，鄭經騷擾福建，派悍將劉國軒登陸，連敗清軍，進圍海澄。福建總督郎廷相，提督段應舉束手無策，被朝廷革職。由康王舉薦，姚啟聖升任福建總督，又撤換了其他幾位重要官員。
姚啟聖採用黃道人的建議，在漳州設修來館，大力招撫鄭經手下官兵，高官厚祿，收買人心，同時將招撫情況公佈於眾，並不限制投誠官兵往來。有人領了賞銀又回到海上，因此消息四處傳播，引起鄭軍矛盾重重，相互猜疑。結果，鄭經五鎮大將各率所部官兵來降，到第二年，投誠官兵已達13萬人。康熙帝對於姚啟聖的招降工作十分滿意，親降璽書褒獎，高興地對大臣們說： 「閩督今得人，賊且平矣！」授予姚啟聖兵部尚書銜，對黃道人也大加讚賞，優敘黃道人軍功，特旨以僉事道任用，後授為直隸霸昌道。
黃道人，名性震，福建漳浦人，原在鄭成功手下任百夫長，鄭成功死後，黃潛回老家，出家為道人，以避亂世。自姚啟聖任總督以後，社會日趨安定。他極贊成姚啟聖的寬大政策，於是出山來助姚啟聖平定台灣。後來，他任湖南布政使時，正值夏逢龍叛亂，朝議出兵，康熙帝很有把握和預見地說： 「湖南有黃性震在，他能佐平數十年的海患，何愁不能平定這個跳梁鼠輩？」可見康熙帝對他的器重，果然他很快就平定了夏逢龍的叛亂。
為了進剿台灣，康熙十八年(1779)，恢復福建水師，調湖廣岳州水師總兵萬正色為提督，將江南戰艦百艘，14000水師調往福建，撥西洋大炮20門給福建水師。
萬正色，字中庵，福建晉江人，原也是鄭成功部將，投降後因懼怕被追究，曾改姓黃。他善使大刀，勇猛無敵，號稱「黃大刀」。平定吳三桂之亂有功，升參將，才改回本姓。萬正色僅用了一年便收復了廈門、金門、銅山，受到朝廷嘉獎。
平定吳三桂之亂以後，姚啟聖上書請求滿洲兵撤出福建。當滿洲兵撤出福建時，企圖將搶掠的百姓(主要為婦女)裹脅北上，姚啟聖再三懇求康王傑書制止這種行為，得到了康王的同意。康王下令： 敢有私攜良民同行者斬！他又不惜重金將百姓贖回，「使閩人出湯火之厄」，一時閩人爭說「姚公活我」。這是姚啟聖最值得人稱道之處，但在官場中卻未必有人會稱讚他拯救了兩萬百姓。常有人在皇帝面前說他的壞話，康熙帝對他也就有了偏見。
康熙二十年(1681)正月，鄭經病逝，姚啟聖收到台灣密報，立即上疏朝廷，建議趁機攻取台灣。康熙帝召集大學士會議，商議攻剿台灣方略。許多人不贊成以武力攻取台灣，認為海上風濤莫測，沒有把握。福建最高軍事長官鑲黃旗滿洲都統寧海將軍喇哈達，也是反對者之一，連萬正色也上奏說： 「台灣斷不可取。」
贊成以武力攻取台灣的有內閣學士李光地、福建總督姚啟聖和福建巡撫吳興祚等人。李光地是福建安溪人，這些人代表了閩浙沿海地方利益集團。反映了沿海地區人民要求安居樂業的迫切心情。台灣問題最終仍需武力解決，台灣不剿平，東南沿海就不能安定。有人認為，李光地看出康熙帝已決意取台灣，所以逢迎皇上。自古以來「逢迎」都是大臣邀寵的手段，李光地似乎不是這種人，因為康熙帝並不是順我者昌、逆我者亡的暴君。
李光地與施琅有過多次交往，對他的才能有深刻的瞭解，當康熙帝詢問他福建水師提督人選時，他舉薦施琅，「若論才略，實無其比」，「海上所畏，惟此一人，用之則先奪敵士氣」。大學士李霨又推薦施琅。姚啟聖更是一再上疏保舉施琅擔任此職。反對武力征剿的大臣們不同意起用施琅，理由是施琅的兒子和侄子都在台灣，施琅一旦去海上，必然叛變。 姚啟聖通過派往台灣的密探，得知一年以前施琅的子侄兩家已經被鄭經滿門抄斬。如此看來，施琅就與鄭氏有血海深仇，從而解除了對施琅的懷疑。既然萬正色反對攻台，正好由施琅替換，重新擔任福建水師提督。施琅13年前所上《盡陳所見疏》，受到鰲拜的輕視，現在得到了康熙帝的重視。13年前所以不可行，是因為施琅可疑，他的兒子、侄子都在台灣，他本人又是降將，因此他提出的平台方略也就不予考慮。許多事情，可行與不可行，並不在於事情本身是否具有充分的理由，而在於此事由誰提出和由誰來做。康熙帝召施琅於內廷問計，施琅說： 「如今卜測天時，揆度人事，鄭氏氣勢決不能再延。」然後詳細分析了雙方的情況，以及他的用兵之法。康熙帝很是讚賞。
施琅請求給予他專征之權，總督和巡撫只負責後勤給養，不必干預軍務，可是朝廷不允。他知道自己仍受到朝廷的懷疑，萬一有人打小報告 ，自己還是不容易自我洗刷，他請求皇上派遣身邊的侍衛吳啟爵，隨自己一起去。他任內大臣十三年，深知侍衛與皇帝關係密切，受皇帝信任，可以保護自己，但是兵部不同意這麼辦，認為如果皇帝的侍衛也發號施令，與當年派太監作監軍有什麼區別？如此必然貽誤軍機大事。康熙帝明白施琅的用意，就說： 「吳啟爵只是一個侍衛，留在京城有什麼用處？如果去福建，也可以通消息，就照施琅所請辦吧。」並特別設宴為他赴任餞行，以示信任。後來吳啟爵在關鍵時刻往來於福建與北京之間，反映前線戰況，溝通君臣的意見，還真起了不小的作用。看來，施琅確是明瞭君臣關係之奧秘。
施琅與姚啟聖在利用風向問題上產生了分歧，因此出師時間遲遲不定。康熙帝召集朝中大臣議事，都認為師期不宜屢變，應限期於夏至以後進取台灣。康熙帝十分開明，對於進兵日期並不作硬性規定，他說： 「此事關係重大，施琅身在地方，必然會根據具體情況作出作戰計劃。」施琅主張先打澎湖，因為據守澎湖的是鄭軍主力。他說： 「鄭軍以劉國軒最為驍勇，如果打敗劉國軒，台灣可不戰而下。」姚啟聖主張，他與施琅各率一支船隊，同時進取台、澎。這樣勢必分散兵力。姚啟聖雖然頗有才略，但是指揮打仗還是外行，有搶功之嫌。施琅反對兩路出擊，因為即使集中兵力也未必取勝，何況分散兵力，兩路出擊？而且這也是不必要的，他正確地估計到，打敗劉國軒，台灣可不戰而下。兩路同時進兵，萬一有一路打了敗仗，就會影響另一路，使整個戰役受挫，那時候，朝廷就要治他的罪了。施琅再上《決計功剿疏》，懇請皇上授以專征之權。他表示： 「如果皇上信任臣的愚忠，獨任臣討賊，令督撫二臣催辦糧餉接應，使臣整訓官兵，不限日期，只要風利可行，臣即督師勇進，一鼓蕩平台灣。如若失敗，請治臣之罪。」
康熙帝又一次召集群臣商討。大學士明珠說： 「若以一人領兵進剿，可得行其志，兩人同往則未免彼此掣肘，諸多不便，所以不必命姚啟聖同往，著施琅一人進軍，似乎可行。」明珠是首輔大臣，於是眾臣們都表示贊成。康熙帝經過反覆考慮，認為大臣們的意見很好，就同意由施琅自行進剿。康熙帝能完全信任叛將施琅，可見他既善於識人，也能用人不疑。
在用人問題上，姚啟聖、施琅也有分歧，施琅對被姚啟聖處罰過的藍理十分器重，而對姚啟聖賞識的朱天貴卻不打算使用。兵部不同意施琅重藍輕朱的意見。康熙帝認為兩人皆可用，特旨授二人官職。在後來的海戰中，藍、朱二人均英勇善戰，不負厚望。在征剿台灣的準備過程中，各方面意見常常對立，康熙帝能夠消除大臣們的偏見，審慎對待不同意見，不獨斷專行，也不優柔寡斷，又頗有知人之明。兩位大臣都能做到以大局為重，姚、施二人雖意見不合，但仍然相互合作。姚啟聖督辦糧餉，保證供給，前經姚啟聖所定武弁功罪條例，施琅則照例遵行。有分歧是正常的，求大同存小異，戰爭的領導者們齊心協力，是戰爭勝利的基本保證。
康熙二十一年(1682)，施琅會齊各路總兵，宣稱利用北風進攻台灣，然而卻遲遲不發兵，給台灣造成強大的精神壓力，姚啟聖趁台灣人心惶惶之時，再次派人前往招撫。在發兵之前，劉國軒忽然遣使議和，但是仍然堅持以前提出的不剃頭不登岸的條件不變，還是不承認不服從中央政府，這是雙方最後一次談判。
康熙二十二年(1682)五月，康熙帝見招撫無效，下令進兵。經過兩次激戰，鄭軍主力幾乎全軍覆沒，清軍也傷亡數千人，總兵朱天貴陣亡。劉國軒率殘兵敗將退回台灣，澎湖守軍隨即投降。康熙帝接到澎湖大捷的戰報，非常高興，立即命令將這個勝利消息，傳達給各級官員，並特派一名侍衛赴福建，慰問全部官兵。時恰逢中秋夜，皇上衣錦袍，登樓宴賞，看月宮景物，聞捷報大喜，即脫錦袍賜施琅。又自作一詩，寫一手卷，並賜之。
台灣既平，論功行賞獨不及藍理，當時藍理死戰，身被七傷，大腸已流出，裹傷復戰。而敘功時，施琅卻將藍理名字刪去，因為藍理剛猛，不肯屈意事人，施琅忌恨他這一點，遂落其名。後來李光地在皇帝面前讚揚藍理，康熙帝乃接見藍理並親自查看他的傷口，既是關心藍理傷口是否痊癒，也是察臣工是否欺君，並手書「所向無敵」橫幅賜藍理。
這時，姚啟聖主張，乘勝直搗台灣。有人主張應誅殺鄭軍殘餘，其子女沒入軍中為奴，以血前恨。黃性震密請保全之，使數萬人得以存活。施琅則表示，為國為民不必計較仇怨，只求鄭軍能不戰而降最好。他優待俘虜之後，將他們放回，令其規勸台灣軍民來降。被俘鄭軍感恩不盡，一時台灣軍民人心思歸。鄭軍主力既已大部覆沒，台灣已是囊中之物，就不必過於著急拿下台灣，其用意無非是少殺傷而多保全。中國人的哲學中有「天時、地利、人和」的觀念，戰爭中的「人和」表現在哪裡？就是「網開一面」，不搞「斬盡殺絕」，消滅敵人不是戰爭的真正目的，只是手段，當可以不殺傷而達到目的時候，又何必再製造傷亡呢？武將不嗜殺，不邀功，才是真智慧，才是真將才。還有一點，那就是中國人的鄉土觀念也很強，姚啟聖是江浙人，對於福建人的傷亡不太介意，而施琅是福建人，戰場上拚死搏殺的雙方大多為福建人，施琅不忍見到家鄉子弟過多的死傷，所以力主招撫，能為家鄉父老做一些善事豈不更好？雖然，當初他是堅決主張以武力功剿台灣的。招撫不行當然要用武，可以招撫時，又何必用武呢？當時有人說，施琅回台灣「必報父仇」，施琅則明確表示「斷不報仇」。
鄭氏集團打算再竄呂宋，重建國家，劉國軒極不贊成。這裡也有黃性震的功勞，他潛入台灣，施計離間劉國軒和鄭氏集團的關係，由於劉國軒兵權在握，有舉足輕重的地位，他不贊成，事情就辦不成。不得已，鄭克塽派出代表，到澎湖談判，又提出居留台灣不登岸的要求，被施琅當即拒絕。鄭克塽再派人攜降表赴澎湖呈繳，不再提居留台灣的條件。
施琅將降表上報朝廷，康熙帝交議政大臣討論，大臣們認為可以接受，康熙帝也認為，為了防止其再竄外國，又生事端，還是撫之為善。 康熙帝派工部右侍郎蘇拜等前往福建，繼送對台灣投降人員頒發的赦詔。施琅前往鄭成功廟行告祭之禮。這是安定民心之舉，康熙帝南巡時也行祭明太祖朱元璋陵墓的儀式，都是為了安慰漢族人的民族感情。可見施琅不是一般的軍事家，他具有政治家的胸襟氣度，康熙帝任用施琅征台，可謂得人。
統一台灣之後，放棄還是留守台灣，朝廷內部卻有了爭議。李光地等人主張放棄台灣。福建總督姚啟聖指出，台灣不僅要守，而且決不可拖延。施琅也堅決主張留守台灣，並親自到台灣做了一番考察，然後向皇帝上《恭陳台灣棄留疏》，備述台灣的戰略價值和放棄之後的危害。侍郎蘇拜、御史趙士麟、大學士李蔚、王熙也都同意施琅留守台灣的意見。至此，康熙帝表明意見，台灣棄取，所關甚大，棄而不守，尤為不可！
康熙帝下詔設台灣府。姚啟聖推薦蔣毓英擔任第一任知府。蔣毓英在任內頗有政績，使台灣的經濟、文化得到發展，其政治地位更加重要。蔣毓英三年任滿，升按察副使，專門負責管理台灣府事，等於連任三年，他還主持了第一部《台灣府志》的起草工作。
姚啟聖、施琅、蔣毓英等人，為台灣的統一和繁榮做出了重大貢獻。多年以後，康熙帝仍然念念不忘他們的功績。 而康熙帝的知人善任，從善如流，也是使他們能夠施展才能的一個重要條件。明君賢臣，共同以國事為重， 通力協作，上下同心，軍事和招撫手段並用，終使台灣回歸祖國，完成了統一大業。先是平定「吳三桂之亂」，後是統一台灣。在這兩次戰爭中，康熙帝放手重用漢將，才取得了戰爭的勝利。康熙帝的開明大度真是清取天下的運氣。
