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　　在大化改新過程中，革新派與守舊勢力進行了長期的尖銳複雜的鬥爭。  
　　公元645年9月，古人大兄皇子謀反。古人大兄是舒明天皇和蘇我馬子的女兒法提郎援所生的皇子，與蘇我氏有很深的關係，蝦夷、入鹿父子曾極力擁立他為天皇。入鹿被殺後，他以「勤修佛道，奉佑天皇」為名，出家到吉野，勾結蘇我田口臣川掘、物部樸井連椎於、吉備笠臣垂、倭漢文直麻呂、樸市秦造田來津策劃叛亂。據井上光貞考證，「蘇我田口臣川掘是推古朝時住在大和國高市郡田口村的蘇我氏一族(《新撰姓氏錄》)，物部樸井連椎於是樸井地區的物部氏一族，倭漢文直麻呂是和蘇我氏有密切關係的東漢氏的一族。」可見這些人都是反革新的守舊勢力的代表。由於吉備笠臣垂的自首，古人大兄皇子的陰謀暴露，中大兄立即派兵鎮壓。古人死。  
　　大化5年(649)，蘇我日向誣告其異母兄右大臣蘇我石川麻呂要謀害中大兄皇子，中大兄迫使石川麻呂自盡。石川麻呂是與入鹿有矛盾，被革新派爭取過來的，但思想仍然守舊。大化4年(648)廢止古冠時他和左大臣堅持戴古冠，以抵制新的官僚體制。中大兄借日向告發的機會除掉了推行改革事業的障礙。  
　　白維4年(653)，中大兄奏請孝德天皇遷都飛鳥，以便控制守舊勢力。天皇不許，中大兄不顧天皇的反對，率領皇族和群臣回到飛鳥。孝德天皇陷於孤立，第二年飲恨死去。  
　　孝德天皇死後，中大兄之母前皇極天皇重登位，稱齊明天皇(655~661在位)。她大興土木，修建宮殿樓閣，給人民帶來沉重的徭役負擔，引起民怨。  
　　公元658年，孝德天皇之子有間皇子陰謀叛亂。當年11月，齊明天皇和中大兄皇子去紀伊的牟婁溫泉療養，首都留守官守舊勢力的代表人物蘇我赤兄舉出天皇的失政三條，即：大修倉庫，積聚民財；穿鑿水渠，耗費公糧；以舟運石，累積為丘。並以此為由鼓動有間皇子叛亂。有間皇子準備舉兵，但蘇我赤兄見事難成功，於是轉而派人逮捕有間皇子，同時使人報告中大兄。中大兄將有間皇子絞死在籐白阪(今和歌山縣海南市)。  
　　中大兄為了轉移守舊勢力的鋒芒和人民群眾的不滿情緒，大舉征伐北方少數民族並出兵朝鮮。政府於大化3年(647)在越後分別設淬足柵和盤舟柵，作為鎮定蝦夷族的根據地。齊明天皇4年，派阿倍比羅夫討伐秋田、津輕地區的蝦夷族。齊明天皇6年(660)再次派遣比羅夫征討肅慎國」。  
　　660年，百濟受新羅和唐朝軍隊的進攻，王城陷落，國王被俘瀕臨於滅亡。百濟遺臣鬼室福信，向大和朝廷求援，中大兄借此機會出兵朝鮮。齊明天皇7年(661)，天皇和中大兄親赴築紫指揮。當年7月，齊明天皇死於築紫朝倉宮。天智天皇元年(662)5月，派阿雲比邏夫出征。663年3月派遣23000名官兵攻打新羅。同年8月，日軍與新羅、唐朝軍隊在白村江交戰，道到慘敗，百濟滅亡。戰後日本為防備新羅和唐軍的進攻，於664年在對馬、壹歧、築紫設置防人和烽火台，在築紫修建了水城。天智天皇4年(663)修築長門、築紫的大野、椽城。兩年後(667)又建了大和的高安城，贊歧的屋島城，對馬的金田城等。這次侵略朝鮮的戰爭加深了國內階級矛盾，人民群眾對沉重的戰爭負擔不滿，守舊勢力趁機向革新派施加壓力，中大兄在守舊勢力的進攻面前採取妥協退讓的政策。  
　　公元664年宣佈：「增換冠位階名及氏上、民部、家部等事... ...其大氏之氏上賜大刀，小氏之氏上賜小刀，其伴造等之氏上賜干循弓矢，亦定其民部、家部。」在這裡肯定了氏上，允許他們私有部民，從而部分恢復了部民制。  
　　公元667年遷都近江(今滋賀縣)，「是時天下百姓不願遷都，諷諫者眾，童謠亦多，日日夜夜失火處多。」]翌年，中大兄即位，稱天智天皇(668~671在位)。同年，天皇命中臣鐮足制定《近江令》22卷，是日本最早的一部成文法典，但早已失傳。具日本學者推測，它大體參考唐代《貞觀令》編纂，成為日本以後《令》的基礎。  
　　繁重的勞役，使人民四處逃散。天智天皇9年(670)政府為防止人民逃亡，編製戶籍，因制定於庚午年，故稱「庚午年籍」。內外戰爭和大規模的土木工程，不僅給人民帶來深重的災難，也給地方中小貴族增加了負擔。恢復氏上制和部民制提高了大貴族的政治經濟地位，但地方中小貴族並沒有得到多大好處，所以他們對朝廷益加不滿。  
　　天智天皇同其弟大海人皇子之間的矛盾日漸加深。大海人皇於是在大化改新中鍛煉成長起來的有膽略有才幹的政治家和軍事家，在革新中享有較高的威望。天智天皇即位時大海人被立為東宮即皇太子，是法定的皇位繼承人。天智天皇7年(668)，在一次宴會「酒酣極歡」時，大海人「以長槍貫敷板(地板)」，引起天智天皇大怒，險些被殺。天智天皇10年(671)，天皇任命自己的寵兒大友皇子為太政大臣。太政大臣是代替天皇主持政務的皇太子攝政習慣法制化了的職務，所以，這實際上是立大友皇子為皇儲，剝奪了大海人皇子的皇位繼承權。天智天皇還任命對革新事業不滿的守舊勢力的代表人物蘇我赤兄為左大臣，中臣捨為右大臣，蘇我果安、巨勢人、紀大人為御史大夫。他為了維護年輕的大友皇子的地位，吸收守舊的大貴族組成了政權。大海人地位和生命都失去保障。他為了擺脫這種處境，以出家為名避居吉野。當年12月，天智天皇病死，政權落到守舊的大貴族手中。  
　　近江朝廷嚴密監視在吉野的大海人皇子，並積極備戰。大海人聞訊後決定舉兵。弘文天皇元年(672)，大海人離開吉野，經伊賀、伊勢，來到美濃，以此為根據地，發動東國軍隊。東國與皇室有密切的關係，自6世紀以來朝廷關注東國；在那裡設置了不少屯倉，舍人的大部分都是由東國徵調來的。大化革新時首先在東國造戶籍，校田畝，實行改革。因此，那裡封建官僚貴族的力量比較強大，而守舊勢力卻比較薄弱。大海人舉兵之後，東國的國司、郡司紛紛加入大海人的隊伍。大海人搶先佔領了不破道和鈴鹿道，截斷了近江朝廷與東國的聯繫。公元672年7月初，大海人的兩路大軍分別向近江、大和迸發。同年7月22日，一路軍隊平定大和，另一路軍隊在獺田川戰役中取得決定性勝利，第二天大友皇子自刃而死。歷時1個多月，遍及大和、山城以至伊賀、伊勢、美濃、近江等國的內戰，以大海人皇子的勝利告終。這次內戰發生在壬申年，所以被稱為「壬申之亂」。  
　　大海人迅速取得勝利的主要原因是得到東國新興中小封建官僚貴族國司、郡司的積極響應。大海人離開吉野時，手下只有舍人、女官30多名，但由於得到東國中小封建貴族的大力支持，很快佔領了軍事要地，組成了數萬大軍，打敗了近江朝廷。以大友皇子為首的近江朝廷則失去了地方中小貴族的支持，朝廷四處派遣調兵的使者，但均沒有成功。聽到大海人舉兵的消息，「群臣悉愕，京內震動」，朝廷內部一片混亂，有的想投奔東國，有的逃隱山澤。 雖然「壬申之亂」是大海人皇子和大友皇子的皇位之爭，但實質是革新派與守舊勢力之間的一場殊死搏鬥。
　　天武天皇元年(673)，大海人皇子在飛鳥淨御原宮即位，稱天武天皇(673~686在位)。天武天皇即位後，推進了革新事業。經濟方面，天武天皇4年(676)下詔書廢除公元664年天智天皇恢復的氏上私有部民的制度，並廢除朝廷前後賜與親王、諸王、諸臣及各寺院的山林池澤島浦，收歸國有。這是繼續推進改新事業以發展生產的重大措施。天武天皇11年(683)為革新俸祿制，更下詔書將賜與親王以下諸臣的食封歸還國家。但新的俸祿制既末立即制定出來，食封制自然也不可能徹底廢除。所以此後雖不見恢復食封制的法令，卻仍可看到賜與封戶的例子。  
　　在徹底廢除部民制的基礎上，採取恢復和發展生產的一些措施。676年下詔：「自今以後，明察百姓，先知富貧，簡定三等，仍中戶以下，應與貸」，使貧困的班田農民能維持和發展生產。朝廷又減輕了一些農民的搖役負擔。與此同時，把班田農民緊緊束縛在土地上，加強封建剝削和壓迫。天武天皇5年(677)宣佈：「凡浮浪人，其送本土者，猶復還到，則彼此併科課役。」  
　　 在政治方面，加強皇權和軍事力量。天武天皇實行皇親政治。他在位期間沒有任命一個大臣，而是完全依靠皇后、皇子等皇親進行統治。天武天皇12年(684)制定八色之姓：真人、朗臣、宿彌、忌寸、道師、臣、連、稻置。真人授予5世以內的皇親原公姓氏，朝臣、宿彌分別授與原臣姓氏、連姓氏，忌寸授予直姓的國造諸氏。把真人置於八姓之首，以提高皇親的政治地位。天武天皇10年(682)規定姓氏的序列作為考選文武官的先決條件。公元681年開始修改《近江令》，在此基礎上制定《飛鳥淨御原令》，公元689年開始施行。此令共22卷，現已全部失傳。當時末制定律，據後來的日本學者分析，可能准用《唐律》。公元681年命川島皇子等記「帶紀及上古諸事」，即編撰國史，以期提高皇威。  
　　在實行皇親政治的同時，注意起用中小官吏。天武天皇5年(677)下詔：凡任國司者，除援內及陸奧、長門國以外，皆任大山位以下人。」又將冠位增至48階，使中小官吏有更多的仕途機會，以此削弱大貴族的勢力。  
　　為了鞏固政權，加強軍事力量，天武天皇4年(676)下令：「諸王以下，初位以上，每人備兵。」公元676年遣王卿京、畿內「校人別兵」。天武天皇13年(公元685年)詔書說，「凡政要者軍事也」，要求文武官「務習用兵及乘馬」。公元685年派宮處王等於京、畿內「校人夫之兵」，同年下詔收回私家兵器。  
　　天武天皇採取興隆佛教和敬神的政策。在佛教方面，提倡造寺、寫經、唸經；在神道方面，崇敬伊勢神宮，祭龍田、廣獺神，創始祈年祭等，以提高天皇的地位。