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　　1644年﹐清軍入關﹐一路勢如破竹﹐迅速佔領了中國北方。但在江南﹐滿清鐵騎遭到了南明殘餘勢力的拚死抵抗﹐其中尤以歸服南明的大西反賊李定國部､固守江浙的南明兵部尚書張煌言部和盤踞東南沿海已歸服的大海盜鄭成功部最為激烈。
　　雙方進行了持久的戰爭﹐最終滿清依靠強大的鐵騎剿滅了張煌言和李定國﹐唯有退居到台灣的鄭成功無法平定。滿清雖然陸戰無敵﹐但卻是旱鴨子﹐直到施琅到來前都沒有適合水戰的大將﹐在南京還差一點讓鄭成功的水軍趕下長江。
　　雖然清軍恨極了明鄭﹐但卻束手無策﹐只能由著鄭成功的艦隊肆虐長江和沿海。為打擊鄭成功的勢力﹐清朝實行殘酷的沿海遷界。所謂遷海就是將山東以南的沿海居民強制遷到離還數十到數百里的內陸﹐並修築界牆﹐防止沿海居民和明鄭勾結﹐凡是越界格殺勿論。結果滿清的暴政使得富庶的沿海居然變成了白骨纍纍的無人區﹐無數老百姓在滿清的屠刀下背井離鄉﹐流離失所﹐沿海枯骨遍地。
　　出於對漢人和明鄭水軍的恐懼﹐滿清費盡心機的要剿滅鄭逆﹐甚至以台灣為酬勞﹐邀請曾被鄭成功趕跑的荷蘭人出兵。清廷根本沒有把台灣當做自己的領土﹐假如鄭成功沒有趕跑荷蘭人收復台灣﹐滿清根本不會在乎荷蘭人是否佔據台灣﹐當然也不會去趕走荷蘭人﹐就這樣大清和荷蘭殖民者成為了朋友。
　　1662年﹐荷蘭東印度公司組成的遠征艦隊從巴達維亞出發開往中國。當荷蘭艦駛抵閩江口五虎門隊﹐由於靖閩王耿繼茂與閩督李率泰不敢擅專﹐荷蘭艦隊所以被迫返程。
　　1663年﹐荷蘭遠征軍再次抵達閩江口﹐受到清方熱情款待﹐雙方簽訂軍事協定。協議其中一項議定﹕… …第八條﹕克服金﹐廈兩島後﹐荷人必要時﹐得在二者之間﹐擇其一或其他地域﹐以駐艦隊﹐以防海賊攻擊。第九條﹕克服金﹐廈兩島後﹐聯軍應馳往台灣﹐攻取此島後﹐清軍應將該島以及一切城堡物件交與荷人﹐以供荷人居住。
　　得到清朝許諾後﹐荷清聯軍大舉進攻廈門﹐鄭軍敗退﹐清荷聯軍趁勢佔領金門。
　　1664年﹐荷蘭第三次派出遠征軍﹐奪取澎湖﹐並侵佔灣北部的雞籠港。由於沒有得到清政府的積極配合以及清軍擅自行動﹐使得荷蘭人非常惱怒﹐加上荷蘭人的貿易在中國遭到了麻煩﹐因此荷蘭艦隊返回巴達維亞。1668年荷蘭人撤出基隆﹐雙方軍事合作終止。儘管荷蘭人不再提供軍事支持﹐但清軍從荷蘭人手中獲得了包鐵戰船﹐使得水軍實力大增。
　　1681年三藩之亂平定後﹐由於荷蘭人除了貿易對台灣根本不感興趣﹐因此清廷不得不依靠自己的力量對付鄭軍。清廷開始大力營建水軍﹐並於1683年派施琅率艦隊平定台灣。施琅為滿清祛除了最後一塊心病。施琅攻佔台灣後﹐利用職權霸佔了台灣大部分田地﹐成為東南地區最大的地主﹐台灣幾乎成為施琅的私產。台灣遍佈施侯莊園﹐施家的施侯大租一直收到甲午戰爭﹐最終被日本人廢除。